吉田山薬王院は807年（大同2年）桓武天皇の勅願によって伝教大師最澄が創建したと伝えられている寺院です。

近くには吉田神社や吉田古墳が存在し、この周辺の現在は元吉田と呼ばれる地域が、古くから人を集め信仰の拠点になっていた事がうかがえます。
天台宗の寺院として常陸三の宮の吉田社の神宮寺となった吉田山薬王院は、神仏習合の典型と呼ばれる寺院であり、水戸における土着神道と仏教の普及の歴史を見ることができます。
吉田山薬王院は水戸でも有数の文化財の集積地であり、本堂はもちろんのこと、茅葺きの八脚門である仁王門や四脚門、五輪塔など、建物そのものが文化財となっています。

また、本尊である薬師如来像は平安時代の藤原期のものであるとされ、他にも南北朝期に作られた12体の12神将像、平安時代の仏像三体など、貴重な文化財が安置されています。
吉田神社も含めてこの吉田神域は、水戸におけるもっとも古い信仰の中心地であり、まさに水戸最大の聖地と言える地域なのでした。