水戸ホーリーホックは水戸という名前ですが、正確には日本の茨城県水戸市、ひたちなか市、笠間市、那珂市、小美玉市、茨城町、城里町、大洗町、東海村をホームタウンとする広域ホームタウン制を取っている事に大きな特徴があります。
このホームタウン9市町村に支えられて活動しているおかげで、試合ごとに水戸市の日、ひたちなか市の日に「市町村の日」という企画で対象市町村に在住・在学の方を無料招待しているなどなど、広域ホームタウンならではのサービスができることが強みとなっています。
水戸ホーリーホックは、同じ茨城県の名実ともに王者クラブである鹿島アントラーズが存在しますが、現在は昇格争いに加わるなど、水戸ホーリーホックも徐々に脚光を浴びてきている段階になってきています。
しかし、長い間、自治体の支援などを満足に受けられないなど、Jリーグでも最低規模の予算でありながら、2000年のJ2昇格以来、一度も下位リーグに落ちたことのない、まさに納豆のような粘り強い戦績と経営を続けてきた所に大きな強みがあります。
現在では市の支援も増え、これから伸びしろのあるクラブとして、そしてJ2の古豪としての風格さえ帯びてきた水戸ホーリーホックは、今では市民たちの誇りともなっています。

また、サポーターたちの雰囲気もよく他サポから「水戸ちゃん」と愛されたり、山形サポとのチャント合戦や納涼漢祭りなど、数々のJ2名物を作り出した歴史もあり、ただのJ2クラブではない独特の存在感のあるクラブ、サポーターとしても有名です。