1692年（元禄5年）に水戸光圀によって開基した曹洞宗の寺院です。境内には心越の墓塔、1694年（元禄7年）建立の穢跡（えせき）金剛尊天堂などが残されており、春には桜の名所、秋には紅葉の名所ともなる、華やかなお寺です。
閑静な禅寺で申し込めば座禅の体験などもできます。水戸の上町に住む人は祇園寺の鐘を聞きながら育ったといってもいいほど水戸では親しまれた寺院です。

水戸藩の天狗党と対立した諸生派の菩提寺としても有名

水戸藩重臣で幕末期に諸生派として活躍した市川氏、朝比奈氏らの墓所があるため諸生派のお寺としても知られています。また、近代の有名人として洋画家の中村彝、詩人の山村暮鳥の墓があります。
水戸八幡宮とほぼ隣接するかのように建てられたお寺なので、水戸八幡宮と祇園寺と二十三夜尊を一緒にお参りするのが水戸市民の参詣ルートです